中小企業指導法の大幅改正（このとき、表題を「中小企業支援法」に変更）により、以下のとおり大きな制度改革を実施。

(2000年)

・中小企業診断士の位置付けを「国や都道府県が行う中小企業指導事業に協力する者」から「中小企業の経営診断の業務に従事する者」に変更
・登録の根拠条文の独立化(第11条)
・試験の根拠規定の創設(第12条)
・あわせて、指導法基準省令の大幅改正（現行表題は、「中小企業支援事業の実施に関する基準を定める省令（支援法基準省令）」）と、新たな試験について「中小企業診断士の登録等及び試験に関する規則（登録等規則）」（平成12年通商産業省令第192号）を制定。登録部門の区分はなくなり、一本化された。
・第1次試験を選択式（マークシート）とし、第2次試験を筆記試験（事例問題）及び口述試験として、第3次試験（実習）を試験合格後の実務補習に移行

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