ソルボンヌ大学の講師が、ゲノム解析により、キメラウイルスの可能性を示唆。

(2020年03月19日)

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アレクサンドル・ハッサンニン

・ソルボンヌ大学講師（HDR）、
・ISYEB-システマティクス、進化、生物多様性研究所（CNRS、MNHN、SU、EPHE、UA）、
・国立自然史博物館（MNHN）

数週間のうちに、
COVID-19と
それを引き起こすウイルスであるSARS-CoV-2について
多くのことを学びました。

しかし、
多くの噂もありました。

また、
このウイルスに関する科学論文の数は増えていますが、
その起源については
まだ多くのグレーな領域があります。

どの動物種で発生しましたか？

コウモリ、センザンコウ、
または他の野生種？

それはどこから来たのですか？

中国湖北省の洞窟や森から、
または他の場所から？

2019年12月、
入院した最初の41人のうち27人（66％）が
湖北省武漢市の中心部にある市場を通過しました。

しかし、
武漢病院で行われた調査によると、
最初に確認された人の症例は
この市場に頻繁には現れませんでした。

代わりに、
SARS-CoV-2ゲノムシーケンスに基づく分子年代推定は、
11月の起源を示しています。

これにより、このCOVID-19の流行と
野生生物との関連について
疑問が生じます。

◼︎ゲノムデータ

SARS-CoVの-2ゲノムは
急速に中国の研究者によって
配列決定しました。

それは、ウイルスエンベロープの表面に位置するタンパク質をコードする
S遺伝子を含む15個の遺伝子を含む
約30,000塩基のRNA分子です

（比較のために、
私たちのゲノムは
約30億塩基のDNAの二重らせんの形をとっています
サイズが約30,000の遺伝子を含む）。

比較ゲノム解析により、
SARS-CoV-2は
ベータコロナウイルスのグループに属し、
SARS-CoVに非常に近く、
2002年11月に中国広東省で発生し、
その後に広がった急性肺炎の流行の
原因であることが示されました
2003年に29か国。

774人の死亡を含む
合計8,098人の症例が記録された。

Rhinolophus属のコウモリ（潜在的にいくつかの洞窟種）が
このウイルスの貯蔵庫であり、
小さな肉食動物であるヤシジャコウネコ（Paguma larvata）が
コウモリと最初のヒトの症例の間の
中間宿主として働いた可能性があることが知られています。

それ以来、多くのベータコロナウイルスが、
主にコウモリだけでなく
ヒトでも発見されました。

これらの結果は、
コウモリ、
および特にリノロフス属の種が
SARS-CoVおよびSARS-CoV-2ウイルスの
貯蔵所を構成することを示しています。

◼︎再結合メカニズム

2020年2月7日、
SARS-CoV-2にさらに近いウイルスが
センザンコウで発見されたことを知りました。

ゲノムの一致率の99％が報告されており、
これはコウモリよりも可能性が高い
貯水池を示唆しています。

しかし、
レビュー中の最近の研究では、
マレーシアのセンザンコウ（Manis javanica）から分離された
コロナウイルスのゲノムは、
SARS-Cov-2との類似性が低く、

ゲノムの一致率は
90％に過ぎないことが示されています。

これは、パンゴリンで分離されたウイルスが、
現在猛威を振っているCOVID-19の
流行の原因ではないことを示しています。

ただし、
パンゴリンから単離されたコロナウイルスは、
Sタンパク質の特定の領域で99％に類似しており、
これは、ウイルスの侵入を可能にする
ACE（Angiotensin Converting Enzyme 2）受容体結合ドメインに関与する
74アミノ酸に対応します
それらに感染するヒト細胞。

対照的に、
コウモリR. affinisから分離されたRaTG13ウイルスは、
この特定の領域で大きく異なっています
（類似性の77％のみ）。

これは、
パンゴリンから分離されたコロナウイルスは
ヒト細胞に侵入できるのに対し、
コウモリR.アフィニスから分離されたコロナウイルスは
侵入できないことを意味します。

さらに、これらのゲノム比較は、
SARS-Cov-2ウイルスが、
RaTG13に近いウイルスと
パンゴリンウイルスに近いウイルスの
2つの異なるウイルス間の
組換えの結果であることを示唆しています。

言い換えれば、それは
2つの既存のウイルス間のキメラです。

この組換えメカニズムは、
特にSARS-CoVの起源を説明するために、
コロナウイルスで
すでに説明されていました。

組換えの結果、
新しいウイルスが
新しい宿主種に感染する可能性があることを
知ることが重要です。

組換えが起こるには、
2つの異なるウイルスが
同じ生物に同時に感染している必要があります。

次の2つの疑問が未解決のままです。

この組換えは
どの生物で起こったのですか？

（コウモリ、センザンコウ、または他の種？）

そして何よりも、
この条件は
どのような条件下で起こりましたか？

google翻訳一部割愛

https://translate.google.co.jp/translate?hl=ja&sl=auto&tl=ja&u=https://theconversation.com/coronavirus-origins-genome-analysis-suggests-two-viruses-may-have-combined-134059

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